Thái tử phi Phương Tử qua đời vào ngày 30 tháng 4 năm 1989, hưởng thọ 87 tuổi, ở Nhạc Thiện trai, Xương Đức cung sau một thời gian chống chọi với căn bệnh ung thư. Lễ tang của bà được tổ chức long trọng theo nghi thức dành cho nguyên thủ quốc gia, với sự tham gia của Thân vương Mikasa và Thân vương phi Mikasa của Nhật Bản. Bà được chôn cất cạnh chồng là Thái tử Ý Mẫn ở Hongyureung, Namyangju gần thủ đô Seoul.

Cuốn tự bạch The World is One: Princess Yi Pangja's Autobiography đã được xuất bản, kể về cuộc đời đầy gian khổ của bà và gia đình tại Nhật Bản.